Crear un instalador para nuestras aplicaciones en .NET no tiene mucha ciencia. El problema es cuando modificamos esa aplicación y recompilamos el instalador. Al ejecutarlo de nuevo en la computadora donde ya teníamos instalado nuestro programa, nos aparecerá este mensaje:
Ya está instalada otra versión de este producto. La instalación de esta versión no puede continuar. Para configurar o quitar la versión existente de este producto, utilice Agregar o quitar programas del Panel de control.
Toda aplicación tiene un código único, que sirve al sistema como referencia al programa instalado. En .NET, un proyecto de instalación tiene una propiedad (vista en el panel de Propiedades) llamada ProductCode. Basta con cambiar este código para que el nuevo instalador funcione correctamente.
Sin embargo, la manera más "correcta" de hacerlo es actualizando la versión de la instalación.
Toda aplicación tiene (o debería tener) su número de versión (1.0.0, 1.0.0.5, 2.1, etc.). El control de la versión de un programa depende de su desarrollador, pero lo recomendable es seguir estándares. En .NET la versión de la aplicación se define en la ventana de propiedades del proyecto o en el archivo AssemblyInfo
Cambiar la versión de la aplicación no afecta al instalador, ni a su ProductCode. Lo que sí podemos hacer al respecto es cambiar la versión al proyecto del instalador.
Así es. Los instaladores tienen su propio número de versión, independiente del programa que instalan. Éste lo podemos ver en el panel de propiedades del proyecto de instalación (seleccionando el proyecto en el Explorador de soluciones y presionando F4). Ahí veremos la propiedad Version, que por defecto tiene el valor 1.0.0.
Al cambiar esta propiedad, se nos permitirá cambiar el ProductCode automáticamente, para que nuestra instalación se aceptada como una nueva en el sistema cliente.
No es obligatorio cambiar la versión de una aplicación, y menos la del instalador. Pero es una buena práctica, como un control histórico de nuestra aplicación.
Deployando .NET 
Hice lo que dices, cambié el ProductCode y efectivamente me no sale el mensaje Ya está instalada otra versión de este producto…. Pero luego me sale un mensaje de que existe una aplicacion mas reciente, extraño porque acabé de hacer la compilacion. Usted sabe para que sirve el UpgradeCode.
Gracias
OTRA FORMA DE ACTUALIZAR UNA APLICACION .NET